Amoni fluoride thông qua cấu trúc tinh thể wurtzite, trong đó cả cation amoni và các anion florua được xếp chồng lên nhau trong các lớp ABABAB..., mỗi lớp đều được bao quanh bởi bốn lớp khác. Có N-H ··· F liên kết hydro giữa anion và cation.[1] Cấu trúc này rất giống với đá, và florua amoni là chất duy nhất có thể tạo ra các tinh thể hỗn hợp với nước.[2]